Мучаюсь второй день.
Надо спрятать окно програмными средствами (из консоли командой)
Сейчас работю под xfce но если там нельзя сгодится любой другой Window Manager абы поддерживал еще и прозрачность окон.
Альтернатива: под xfce есть хоткей Alt+F8 и активное окно прячется. Если никто не знает как спрятать то может подскажет пример на Перле или Си или чемугодно как тотслать эту комбинацию клавиш окну. Или евент какой-нибудь отослать, чтобы он спрятал.